Dans les domaines où les États membres ont néanmoins choisi de coopérer dans cette sphère (par exemple pour certains types de criminalité transfrontalière), les décisions devraient être prises par le Conseil et la base juridique devrait par conséquent résider dans le troisième pilier intergouvernemental de l’Union européenne (qui couvre les questions juridiques et nationales), et non dans le premier pilier, qui consiste en le droit supranational de l’Union européenne.
In de gevallen waarin de lidstaten toch willen samenwerken op dit gebied (bijvoorbeeld bij bepaalde grensoverschrijdende misdaad) moeten de desbetreffende besluiten worden genomen in de Raad, en de rechtsgrondslag moet derhalve terug te vinden zijn in de derde, intergouvernementele pijler (justitie en binnenlandse zaken) en niet in de eerste pijler, die wordt gevormd door het supranationale EG-recht