Il est un autre problème qui a trait aux technologies actuelles en matière de bioéthanol dans l'Union européenne. En effet, au-dessus d'un certain pourcentage d'éthanol en mélange avec de l'essence, on assiste à une augmentation des émissions d'oxyde d'azote (NOx) et d'aldéhydes, produits très polluants et nuisant à la qualité de l'air.
Een probleem bij de huidige bio-ethanol-technologieën in de EU is dat de uitstoot van NOx en aldehyde, die voor een sterke vervuiling van de lucht verantwoordelijk zijn, boven een bepaald bijmengingspercentage van ethanol in benzine toeneemt, zodat een grotere reductie van broeikasgasemissies hier meer schade voor het milieu tot gevolg zou kunnen hebben.