L'organisation commune des marchés repose sur les principes de bonne gouvernance qu'elle réalisera au moyen d'une définition claire des compétences tant au niveau de l'Union qu'aux niveaux national, régional et local, d'une perspective à long terme, d'une large participation des opérateurs, de la responsabilité de l'État du pavillon et d'une cohérence avec la politique maritime intégrée, avec la politique commerciale et avec les autres politiques de l'Union.
De gemeenschappelijke marktordening wordt aangestuurd door de beginselen van goed bestuur, hetgeen verwezenlijkt moet worden door middel van een duidelijke definitie van de bevoegdheden, zowel op het niveau van de Unie als op nationaal, regionaal en plaatselijk niveau, een langetermijnvisie, een ruime participatie van de marktdeelnemers, de verantwoordelijkheid van de vlaggenstaat en middels samenhang met het geïntegreerde maritieme beleid, het handelsbeleid en overige beleidsterreinen van de Unie.