Dans le domaine de la santé, le Centre Commun de Recherche et six agences communautaires ont une mission essentielle en matière d'émission d'avis scientifiques utiles en cas d'urgence sanitaire; ces agences sont le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (CEPCM), l'Agence européenne pour l'évaluation des médicaments (EMEA), l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), l'Agence européenne pour l'environnement (AEE), l'Observatoire Européen des Drogues et des Toxicomanies (OEDT) et l'Agence européenne pour la sécurité et la santé au travail (EU-OSHA).
Wetenschappelijk advies over volksgezondheidscrises wordt gegeven door het Gemeenschappelijk Centrum voor onderzoek en zes EU-agentschappen, namelijk het Europees Centrum voor ziektepreventie en -bestrijding, het Europees Geneesmiddelenbureau, de Europese Autoriteit voor voedselveiligheid, het Europees Milieuagentschap, het Europees Waarnemingscentrum voor Drugs en Drugsverslaving en het Europees Agentschap voor de veiligheid en de gezondheid op het werk.