Depuis 10 à 15 ans, la société civile dénonce régulièrement les violations des droits de l'homme auxquelles l'approche sécuritaire exécutée par cette agence a conduit: traitements inhumains et dégradants, non-respect du droit d'asile, refoulement des migrants, en particulier vers des pays tiers -tels que la Libye - dans lesquels le respect des droits de l'homme n'est pas garanti.
Sinds tien tot vijftien jaar klaagt het middenveld regelmatig de mensenrechtenschendingen aan waartoe het door het agentschap gevoerde veiligheidsbeleid heeft geleid: onmenselijke en vernederende behandeling, het niet respecteren van het asielrecht, uitwijzing van migranten, in het bijzonder naar derde landen als Libië – waar het respect voor de mensenrechten niet is gegarandeerd.