Le rapporteur s'inquiète également du fait que le Conseil, dans les modifications qu'il propose, ne fait aucune référence au Parlement européen, alors qu'à l'avenir, comme le traité de Lisbonne le prévoit expressément à l'article 69 H, le Parlement aura des compétences de codécision en cette matière et jouera un rôle de contrôle important de l'activité d'Eurojust.
De rapporteur is er ook bezorgd over dat in de amendementen van de Raad geen verwijzingen naar het Europees Parlement zijn aan te treffen, hoewel het Parlement in de toekomst, zoals uitdrukkelijk vermeld in artikel 69, onder h), van het Verdrag van Lissabon, medebeslissingsbevoegdheid over deze zaak zal krijgen en een belangrijke toezichthoudende rol ten aanzien van de activiteiten van Eurojust zal gaan spelen.