Nonobstant ce qui précède, la Commission dispose également de pouvoirs d’exécution et de coercition spécifiques afin que «le non-respect de ses obligations par un organisme agréé puisse donner lieu à une réaction rapide, efficace et proportionnée» (considérant 10 du règlement), à savoir la possibilité d'inviter formellement l'organisme agréé à prendre, dans des délais déterminés, les mesures préventives et correctives nécessaires (article 5) et celle d’infliger des amendes et/ou des astreintes (article 6).
Ondanks het bovenstaande heeft de Commissie ook specifieke handhavings- en dwangmaatregelen om "op snelle, effectieve en evenredige wijze te kunnen optreden tegen niet-nakoming van verplichtingen door een erkende organisatie" (overweging 10 van de verordening), namelijk de mogelijkheid om een erkende organisatie formeel te verplichten preventieve en corrigerende maatregelen binnen bepaalde termijnen uit te voeren (artikel 5) en om geldboeten en/of dwangsommen op te leggen (artikel 6).