La comitologie a néanmoins également pour effet de modifier l'équilibre entre les institutions communautaires, au détriment du Parlement, qui se retrouve sur la touche, et de la Commission, puisque la comitologie jette le trouble et empiète sur les compétences de cette dernière en tant qu'exécutif communautaire.
De comitologie leidt er echter ook toe dat het evenwicht tussen de instellingen binnen de Gemeenschap wordt gewijzigd, ten nadele van het Parlement, dat wordt uitgesloten, en van de Commissie, wier rol als uitvoerend orgaan van de Gemeenschap vervaagt en wordt aangetast.