Jusqu'à l'entrée en vigueur du décret du 7 mai 2004 réglant les budgets, la comptabilité, le contrôle des subventions, et le contrôle par la Cour des Comptes, la VMM tient une comptabilité conformément aux dispositions réglementaires en exécution de la loi du 16 mars 1954 relative au contrôle de certains organismes d'intérêt public et de l'arrêté du Gouvernement flamand du 21 mai 1997 relatif à une comptabilité économique intégrée et au rapport budgétaire pour les organismes publics flamands.
Tot de inwerkingtreding van het decreet van 7 mei 2004 houdende regeling van de begrotingen, de boekhouding, de controle inzake subsidies en de controle van het Rekenhof, voert de VMM een boekhouding overeenkomstig de reglementaire bepalingen ter uitvoering van de wet van 16 maart 1954 betreffende de controle op sommige instellingen van openbaar nut en van het besluit van de Vlaamse Regering van 21 mei 1997 betreffende een geïntegreerde economische boekhouding en budgettaire rapportering voor de Vlaamse openbare instellingen.