Complessivamente, nel 2006 l'Agenzia ha stanziato più di 11 milioni di euro del suo bilancio annuale per operazioni congiunte, progetti pilota e sostegno agli Stati membri nell'organizzazione di rimpatri congiunti di cittadini di paesi terzi in posizione irregolare.
Le operazioni svolte hanno compreso pattugliamenti congiunti di frontiera nel Mar Mediterraneo e alle Canarie, l'intervento di gruppi di esperti distaccati di vari Stati membri, l'assistenza nell'identificazione di immigrati illegali e l'intensificazione degli scambi di informazioni fra i servizi nazionali per l'immigrazione.