Les controverses sur le degré de détail des éléments à fournir à la Commission dans cette période de début de programmation, les exigences des « compléments de programmation », les contradictions entre les règlements, qui ont renvoyé une partie de la responsabilité aux États membres, et le besoin d'une acceptation préalable par les services de la Commission sous peine de blocage des transferts financiers sont quelques exemples des thèmes soulevés dans les débats, notamment de la part des États membres [37].
Onder meer de volgende onderwerpen werden - met name door de lidstaten - in de discussies naar voren gebracht: de verschillen van mening over de gedetailleerdheid van de aan de Commissie te verstrekken gegevens in deze beginperiode van de programmering, de eis van 'programmacomplementen', de tegenstrijdigheden in de voorschriften waardoor een deel van de verantwoordelijkheid werd teruggeworpen op de lidstaten, en de noodzaak van voorafgaande goedkeuring door de diensten van de Commissie op straffe van blokkering van de financiële overdrachten [37].