La question la plus controversée et débattue au cours du débat dont cette proposition a fait l'objet entre la Commission et les États membres réunis au sein du Conseil aura été celle du secrétariat, de son financement, de la possibilité de l'externaliser, de son indépendance et du rôle de guide que devraient exercer la Commission et le Conseil, ainsi que des problèmes en termes de personnel.
Het meest controversiële en meest besproken punt in de loop van het debat over dit voorstel tussen de Commissie en de lidstaten in de Raad betrof het secretariaat, de financiering ervan, de mogelijkheden om het te "externaliseren", zijn onafhankelijkheid en de voortrekkersrol die de Commissie en de Raad zouden moeten vervullen, alsook de personeelsproblematiek.
