Europol sera soumis aux contrôles suivants: contrôle budgétaire, audit interne, rapports annuels de la Cour des comptes européenne, décharge annuelle sur l’exécution du budget de l'UE et éventuelles enquêtes menées par OLAF qui permettent de s’assurer notamment du bon usage des ressources allouées aux agences.
Europol zal onderworpen zijn aan de volgende controles: begrotingscontrole, interne audit, jaarverslagen door de Europese Rekenkamer, de jaarlijkse kwijting voor het uitvoeren van de EU-begroting en mogelijke onderzoeken door OLAF om er met name voor te zorgen dat de aan de agentschappen toegewezen middelen juist worden gebruikt.