Plusieurs dispositions de la directive ne sont pas transposées ou sont transposées de manière incorrecte, par exemple en ce qui concerne l'interdiction d'utiliser des espèces couvertes par la convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore menacées, le choix et le sacrifice des animaux et la notification des expériences.
Diverse bepalingen van de richtlijn zijn door Frankrijk hetzij niet, hetzij onjuist in nationale wetgeving omgezet, bijvoorbeeld het verbod op het gebruik van soorten waarop de Overeenkomst inzake de internationale handel in bedreigde in het wild levende dier- en plantensoorten (CITES) van toepassing is, voorschriften betreffende de selectie van proefdieren en het vrijlaten van dieren, en bepalingen inzake de kennisgeving van experimenten.