Les chercheurs affirment que l'origine de cette affection est multifactorielle, avec une prédisposition génétique et un lien avec l'exposition à certaines substances infectieuses, à des substances toxiques (chimiques), etc. On associe souvent l'apparition de l'EM/SFC à des infections virales (virus d'Epstein-Barr (EBV), cytomégalovirus (CMV), ..) et/ou bactériennes (mycoplasme, chlamydia, ...).
De onderzoekers stellen dat de oorzaak multifactorieel is, met een genetische predispositie (voorbeschiktheid) en gerelateerd is aan blootstelling van bepaalde infectueuze stoffen, (chemische) gifstoffen, enz. Het begin van ME/CVS wordt vaak geassocieerd met infecties door virussen (Epstein Barr Virus (EBV), cytomegalovirus (CMV), ..) en/of bacteriën (mycoplasma, chlamydia, ...).