La procédure en question, comme c'est le cas pour l'EIE, consiste en une évaluation en plusieurs étapes du plan ou du projet, de ses incidences sur le site « Natura 2000 », des alternatives au plan ou au projet qui pourraient éviter des incidences néfastes sur le site et de toute mesure d'atténuation ou de compensation de nature à maintenir l'intégrité d'ensemble du réseau « Natura 2000 ».
Net als de m.e.r.-procedure houdt ook deze procedure een gefaseerde beoordeling in van het plan of project, van de effecten ervan op het 'Natura 2000'-gebied, van alternatieve oplossingen die negatieve gevolgen voor het gebied zouden verhinderen en van enigerlei mitigerende of compenserende maatregelen die de algehele samenhang van het 'Natura 2000'-netwerk zouden behouden.