Le nouveau règlement présente également en détail les mécanismes auxquels la Commission peut recourir afin de faire respecter les règles par les États membres dans le cas où les systèmes de contrôle nationaux semblent être inefficaces: pouvoirs de contrôle étendus, inspections et audits indépendants, enquêtes administratives, suspension ou suppression du financement de l'UE et réduction des quotas et de l'effort de pêche.
In de nieuwe verordening worden ook de mechanismen omschreven die de Commissie kan aanwenden om de lidstaten tot naleving te verplichten: uitgebreidere verificatiebevoegdheden, onafhankelijke inspecties en audit, administratieve onderzoeken, opschorting of intrekking van EU-fondsen en vermindering van quota en visserijinspanning wanneer het controlesysteem van een lidstaat niet blijkt te werken.