Les deux principaux problèmes que pose le protocole sont les suivants: la possibilité pour les parties de reporter les budgets d'émissions excédentaires – appelés unités de quantités attribuées (UQA) – de la première période d'engagement (voir le point 19 ci-après) et les règles comptables en matière de gestion des forêts. Si ces points faibles n'étaient pas résolus, les engagements actuels pris par les pays développés en matière de réduction des émissions resteraient quasiment lettre morte, ou pire, les émissions risqueraient de s'en trouver légèrement augmentées.
De twee belangrijkste problemen zijn de mogelijkheid waarover de partijen beschikken om niet‑gebruikte emissierechten - toegewezen eenheden (AAU) - uit de eerste verbintenisperiode over te dragen (zie punt 19 hieronder) en de rapportageregels met betrekking tot bosbeheer (zie punt 13 hieronder). Deze problemen onopgelost laten, zou betekenen dat de impact van de verbintenissen die de ontwikkelde landen met betrekking tot de vermindering van hun uitstoot momenteel zijn aangegaan, vrijwel nihil zou zijn of zelfs dat de uitstoot in beperkte mate zou toenemen.