Ces différences concernent, en particulier, les niveaux inadéquats du financement, le processus de programmation (exercices de programmation distincts), la sélection des projets (processus d'évaluation et de sélection et procédures de sélection distincts), la mise en oeuvre des projets (règles différentes régissant les procédures de passation des marchés internes et externes) et le suivi des projets (différentes procédures d'information, de suivi et d'évaluation).
Problemen vloeien met name voort uit de slechte onderlinge afstemming van financieringsmiddelen, het programmeringsproces (afzonderlijke programmering), de selectie van projecten (afzonderlijke beoordelings- en selectieprocessen, besluitvormingsprocedures), de implementatie van projecten (verschillende regels voor interne en externe aanbestedingsprocessen), en projectmonitoring (verschillende procedures voor rapportage, monitoring en evaluatie).