À la différence du cas des entreprises constituées en sociétés, l’inclusion des sociétés de personnes opérant à l'échelle internationale et des autres entités hybrides ou fiscalement transparentes dans le champ d’application du système pilote pourrait, par exemple, entraîner des divergences d’opinions quant à l’application correcte des conventions existantes en matière de double imposition, surtout lorsque les associés sont des résidents d’États membres autres que celui dans lequel la société en question est située.
Het toelaten tot de proefregeling van internationaal actieve personenvennootschappen en andere fiscaal transparante of hybride lichamen zou, anders dan bij naamloze vennootschappen, onder meer kunnen leiden tot meningsverschillen over de toepassing van bestaande dubbelbelastingverdragen, in het bijzonder wanneer de vennoten ingezetenen zijn van andere lidstaten dan die waar de personenvennootschap is gevestigd.