La mission essentielle de l'agence consistera à assurer la gestion opérationnelle du SIS II, du VIS et d'EURODAC, de manière à ce que ces systèmes fonctionnent 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7, assurant ainsi un échange de données continu et ininterrompu sans assumer la responsabilité des informations intégrées à ces systèmes.
De kerntaak van het agentschap is het operationele beheer van SIS II, VIS en Eurodac. Deze systemen moeten 24 uur per dag en zeven dagen per week continu in bedrijf blijven om een permanente, ononderbroken uitwisseling van gegevens te waarborgen. Het agentschap is echter niet verantwoordelijk voor de in de systemen ingevoerde gegevens.