En réaction à cette attitude, le Conseil de l’Union européenne a décidé en décembre 2006 que, dans le cadre des négociations d’adhésion de la Turquie à l’Union européenne, huit chapitres liés à l’Union douanière ne pourront être ouverts, de même qu’aucun chapitre ne pourra être fermé, tant que la Turquie n’aura pas mis en œuvre intégralement et de façon non discriminatoire vis-à-vis de tous les États membres de l’Union européenne le Protocole précité.
Tot op heden echter blijft het land beperkingen opleggen op het vrij verkeer van goederen van en naar Cyprus. Als reactie op deze houding besliste de Raad in december 2006 om, in het kader van de toetredingsonderhandelingen, acht hoofdstukken gerelateerd aan de douane-unie niet te openen en geen enkel hoofdstuk af te sluiten zolang Turkije het Protocol niet volledig en op niet-discriminerende wijze toepast voor alle lidstaten van de Europese Unie.