Des amorces PCR spécifiques (Pastrik et al., 2002; voir appendice 6) peuvent être utilisées pour différencier des souches appartenant à la division 1 (biovars 3, 4 et 5) et à la division 2 (biovars 1, 2A et 2T) de R. solanacearum, telles que définies initialement par l'analyse du PTFR (Cook et al., 1989) et la séquence 16S d'ADNr (Taghavi et al., 1996).
Specifieke PCR-primers (Pastrik e.a (2002), zie aanhangsel 6) kunnen worden gebruikt om een onderscheid te maken tussen stammen van groep 1 (biovars 3, 4, 5) en 2 (biovars 1, 2A, 2T) van R. solanacearum, zoals oorspronkelijk bepaald met RFLP-analyse (Cook e.a (1989)) en analyse van de 16S-rDNA-sequentie (Taghavi e.a (1996)).