Malgré cette large autonomie, l'article 185 du règlement financier de l'UE (ci-après dénommé RF) prévoit que la Commission doit arrêter un règlement financier-cadre des organismes en question. En effet, ceux-ci sont financés au moyen de crédits communautaires qui sont inscrits à cette fin dans le budget général de l'Union européenne.
Ondanks deze vergaande onafhankelijkheid is in artikel 185 van het Financieel Reglement (hierna FR) van de EU vastgelegd dat de Commissie een kaderregeling voor de financiering van deze organen dient vast te stellen, omdat de organen worden gefinancierd met communautaire middelen die beschikbaar worden gesteld uit de algemene begroting van de Gemeenschappen.
