Les États membres ont mentionné plusieurs problèmes rencontrés lors de la mise en place ou en fonctionnement des bases de données, par exemple une base juridique inappropriée [62], la nécessité de justifier l'existence d'une base de données par un objectif juridique précis [63], des doutes quant aux données relatives aux personnes morales et physiques pouvant être saisies dans le système [64], des problèmes techniques pour relier une base à d'autres bases de données [65], des problèmes d'identification d'une société lorsque celle-ci modifie sa forme juridique [66], et la recherche de toutes les informations disponibles pour faire face à la complexité de l'évaluation des risques [67].
De lidstaten hebben verschillende problemen gemeld bij de uitvoering of het functioneren van de databases, bijvoorbeeld een ongeschikte rechtsgrondslag[62], de noodzaak om het bestaan van een database te rechtvaardigen door een precieze juridische doelstelling[63], twijfels met betrekking tot gegevens in verband met rechtspersonen en natuurlijke personen die in het systeem kunnen worden ingevoerd[64], technische problemen om een database te koppelen aan andere databases[65], problemen bij de herkenning van een onderneming wanneer deze haar rechtsvorm wijzigt[66] en het zoeken van alle beschikbare informatie om de complexiteit van de risicobeoordeling het hoofd te bieden[67].