Afin d’accomplir ses missions, Eurojust entretient des relations privilégiées avec le réseau judiciaire européen, l’Office européen de police (Europol), l’Office européen de lutte antifraude (OLAF), l’Agence européenne aux frontières extérieures (Frontex) et le Centre de situation conjoint de l’Union européenne.
Om zijn taken uit te voeren, onderhoudt Eurojust bij voorrang betrekkingen met het Europees justitieel netwerk, de Europese politiedienst (Europol), het Europees Bureau voor fraudebestrijding (OLAF), het Europees Agentschap voor de buitengrenzen (Frontex) en het gemeenschappelijke situatiecentrum van de Raad.