Cependant, ces comités ne sont que très rarement parvenus à un avis tranché concernant ces autorisations, de ce fait, la Commission européenne, qui prend le relais en l’absence d’une majorité qualifiée, a fini par prendre la plupart des décisions en matière d’autorisation de denrées alimentaires et aliments pour animaux génétiquement modifiés.
Maar toelatingen worden slechts uiterst zelden door deze commissies goedgekeurd en daarom neemt de Europese Commissie, die actie onderneemt bij gebrek aan een gekwalificeerde meerderheid, uiteindelijk de meeste beslissingen met betrekking tot de toelating van gm-levensmiddelen en -diervoeders.