En plus des activités énoncées précédemment, l'Agence aurait également des tâches opérationnelles telles qu'assumer un rôle plus actif dans la protection des infrastructures d'information critiques (PIIC) de l'UE, par exemple en matière de prévention et d'intervention en cas d'incident, à savoir agir en tant que CERT pour la SRI et coordonner les CERT nationales en tant que centre de crise SRI de l'UE, ainsi que des activités de gestion quotidienne et des services d'urgence.
Het ENISA zou dan bijvoorbeeld ook een actievere rol bij de bescherming van kritieke informatie-infrastructuur krijgen, bijvoorbeeld bij de preventie van incidenten en de respons daarop, waarbij het als een EU-CERT voor netwerk- en informatiebeveiliging zou fungeren en als een „stormcentrum” van de EU zowel het dagelijks beheer als de nooddiensten van nationale CERT's zou coördineren.