En octobre 2011, un rapport d'audit de la Cour des comptes européenne a révélé de graves conflits d'intérêts au sein de l'EFSA, particulièrement mise en cause en raison de liens étroits entretenus par certains de ses experts avec le lobby des géants de l'agroalimentaire : Monsanto, Unilever, Syngenta, Bayer, Nestlé, etc.
In oktober 2011 bracht een audit van het Europees Rekenhof ernstige belangenconflicten binnen de EFSA naar voren. Er zouden rechtstreekse banden zijn met de lobby van de reuzen van de voedingsindustrie: Monsanto, Unilever, Syngenta, Bayer, Nestlé, enzovoort.