Tout en étant favorables à cette évolution, les ONG soulignent que ce processus d'intégration leur impose d'élargir leur domaine de compétence, car presque toutes les DG leur demandent désormais des contributions; cela se traduit par des coûts supplémentaires, aussi bien en termes de personnel qu'en termes de préparation.
Terwijl zij deze ontwikkeling toejuichen, benadrukken de NGO's wel dat het aspect van integratie een grotere druk legt op de NGO's om hun kennis te verbreden aangezien zij nu door bijna alle directoraten-generaal om hun inbreng worden benaderd, en dit brengt kosten met zich mee, zowel voor extra personeel als voor de voorbereiding.