Pour promouvoir le développement équilibré des territoires pluri-régionaux, le FEDER soutient également, par l'initiative communautaire INTERREG III, divers projets de coopérations transfrontalière, transnationale et interrégionale dont certains sont axés sur la gestion intégrée des zones côtières et la protection des ressources des bassins de la Méditerranée et de la Baltique.
Om een evenwichte ontwikkeling van multiregionale gebieden te bevorderen, verleent het EFRO via het communautair initiatief INTERREG III ook steun aan verscheidene grensoverschrijdende, transnationale en interregionale samenwerkingsprojecten, waarvan er enkele zijn toegespitst op het geïntegreerd beheer van kustgebieden en op de bescherming van de bekkens van de Middellandse Zee en de Oostzee.