La Commission a souligné à de nombreuses reprises les problèmes rencontrés par les communautés religieuses non musulmanes en Turquie, dont ceux de la communauté orthodoxe grecque et du patriarcat œcuménique, tels que la question de la fermeture actuelle du séminaire Halki, les questions de propriété et le manque persistant de statut juridique pour les communautés non musulmanes.
De Commissie heeft herhaaldelijk de aandacht gevestigd op de problemen waaraan religieuze minderheden in Turkije blootstaan, waaronder de moeilijkheden van de Griekse orthodoxe gemeenschap en het Oecumenisch Patriarchaat alsmede van de Theologische Hogeschool van Chalki, die nog steeds niet is heropend, problemen met eigendom en het nog steeds ontbreken van een wettelijke status voor religieuze minderheden.