Les projets cofinancés doivent être répartis de manière proportionnelle par la Commission. Cette dernière établit des répartitions annuelles à titre indicatif pour les périodes 2007-2010 et 2010-2013, basées sur la population totale et la densité de population de chaque État membre, ainsi que sur la superficie des zones d'importance communautaire de chaque État membre et la part du territoire de chaque État membre couvert par des zones d'importance communautaire. Des fonds supplémentaires peuvent être attribués aux États membres enclavés.
De medegefinancierde projecten moeten op evenredige wijze door de Commissie worden verdeeld. De Commissie stelt jaarlijks een indicatieve verdeling vast voor de periodes 2007-2010 en 2010-2013, gebaseerd op de totale bevolking en de bevolkingsdichtheid van elke lidstaat, alsmede op de oppervlakte van de gebieden van communautair belang in elke lidstaat en het aandeel van die oppervlakte in de totale oppervlakte van bedoelde lidstaat.