Les travaux de la Commission Dupont furent par la suite davantage centrés sur le statut juridique interne des détenus: par arrêté royal du 10 février 2000, il fut demandé à la Commission de rédiger non plus un avant-projet de loi, mais un projet de note reprenant les principes directeurs pour la création d'un Tribunal de l'application des peines et la détermination du statut juridique externe des détenus.
Nadien waren de werkzaamheden van de Commissie-Dupont meer gericht op de interne rechtspositie van gedetineerden : met het koninklijk besluit van 10 februari 2000 werd aan de Commissie niet meer gevraagd een voorontwerp van wet op te stellen, maar wel een conceptnota met de voornaamste leidende principes voor de oprichting van een strafuitvoeringsrechtbank en het bepalen van de externe rechtspositie van gedetineerden.