Les estimations des coûts d’exploitation du CSC sont variables, en fonction du combustible, de la technologie et du type de stockage, mais la plupart des calculs effectués pour les coûts actuels se situent dans la fourchette comprise entre 30 et 100 euros par tonne de CO2 stockée (en moyenne 40 EUR/tonne de CO2 évitée pour les centrales à charbon, et 80 EUR/tonne de CO2 évitée pour les centrales au gaz naturel. Il faut de surcroît tenir compte des coûts de transport et de stockage).
Ramingen voor de operationele kosten van CCS variëren naargelang van het type brandstof, technologie en opslag, maar de meeste berekeningen van de kosten in de huidige situatie leveren een bedrag op van 30 tot 100 EUR per opgeslagen ton CO2 (gemiddeld 40 EUR/ton vermeden CO2 voor steenkoolcentrales en 80 EUR/ton vermeden CO2 voor aardgascentrales. Voorts moet ook rekening worden gehouden met de kosten voor transport en opslag). Deze kosten zullen naar verwachting aanmerkelijk dalen wanneer de technologie zich op commerciële schaal heeft bewezen.