Pour des raisons éthiques, la directive exclut également de la brevetabilité certaines applications, telles que des procédés de clonage d'êtres humains ou la modification de leur identité génétique, l'utilisation d'embryons humains à des fins industrielles, ainsi que les procédés destinés à modifier l'identité génétique d'animaux et qui pourraient infliger à ceux-ci des souffrances sans utilité médicale substantielle.
Op grond van de richtlijn is octrooiering van bepaalde toepassingen, zoals procédés voor het kloneren van menselijke wezens of voor het wijzigen van hun genetische identiteit, het gebruik van menselijke embryo's voor industriële doeleinden en procédés voor het wijzigen van de genetische identiteit van dieren waarbij hen leed kan worden aangedaan zonder dat dit wezenlijke medische voordelen oplevert, om ethische redenen niet mogelijk.