La coopération entre les pouvoirs judiciaires fonctionne principalement par le biais d’un mécanisme appelé «reconnaissance mutuelle des jugements et des décisions judiciaires» (notamment concernant la détention et le transfèrement de détenus, le mandat d’arrêt européen, la décision d’enquête européenne, la confiscation et le gel des avoirs et les sanctions pécuniaires).
Justitiële samenwerking gebeurt vooral via een mechanisme genaamd „wederzijdse erkenning van vonnissen en rechterlijke beslissingen” (bijvoorbeeld op het gebied van opsluiting en overbrenging van gevangenen, het Europees aanhoudingsbevel, het Europees onderzoeksbevel, confiscatie en bevriezing van activa en financiële sancties).