En outre, comme en témoigne l'affaire C-403/05 portée devant la Cour de justice, dans les cas où la Commission ne tient pas dûment compte des observations et des préoccupations du Parlement, il reste à ce dernier la possibilité d'intenter un recours en annulation devant la Cour de justice de l'Union européenne, s'il estime que la Commission a outrepassé ses compétences d'exécution.
Tevens kan het Parlement, blijkens het arrest van het Hof van Justitie in zaak C-403/05, in gevallen waarin de Commissie niet naar behoren rekening houdt met de opmerkingen en zorgen van het Parlement, altijd bij het Hof een beroep tot nietigverklaring instellen als het van mening is dat de Commissie haar bevoegdheden heeft overschreden.