En ce qui concerne le rôle de la Cour de justice, celle-ci est compétente pour juger des différends entre Etats membres sur l'interprétation/application du Protocole, lorsqu'il s'est avéré impossible de résoudre ce différend au sein du Conseil dans une période de six mois; une compétence limitée à l'interprétation/application de certains articles du Protocole pour des différends entre Etats Membres et la Commission est également prévue ainsi qu'une faculté pour les Etats membres d'accepter en plus la compétence de la Cour pour les questions préjudicielles ("opting-in"), reprenant donc les règles qui s'appliquent à la Convention elle-même.
Met betrekking tot de rol van het Hof van Justitie bepaalt het protocol dat het Hof bevoegd is om uitspraak te doen over geschillen tussen lidstaten over de uitlegging/toepassing van het protocol, wanneer het onmogelijk is gebleken dit geschil binnen zes maanden in de Raad op te lossen ; ook is voorzien in een beperkte bevoegdheid inzake de uitlegging/toepassing van bepaalde artikelen van het protocol voor geschillen tussen lidstaten en de Commissie alsmede in een mogelijkheid voor de lidstaten om daarenboven de bevoegdheid van het Hof voor prejudiciële vragen te aanvaarden ("opting-in") ; dat wil zeggen dat de regels die op de overeenkomst zelf van toepassing zijn, worden overgenomen.