Le Fonds belge de Survie exerce un contrôle à plusieurs niveaux : a) l'attaché en charge des projets du FBS et basé à Kampala visite chaque année les projets afin de les contrôler et de les adapter, si nécessaire; b) les rapports annuels obligatoires, à savoir les rapports financiers et d'activité, sont vérifiés tant par le FBS que par la Cour des Comptes; c) à mi-parcours, le projet est soumis à une concertation tripartite entre le FBS, le partenaire ougandais et le réalisateur du projet (la CTB, une ONG ou une organisation multilatérale).
De controle door het BOF gebeurt op verschillende niveaus : a) jaarlijks bezoekt de attaché, verantwoordelijk voor de BOF-projecten en gebaseerd in Kampala, de projecten om ze indien nodig bij te sturen en te controleren; b) de verplichte jaarlijks narratieve en financiële rapporten worden door zowel het BOF als het Rekenhof nagezien, c) halverwege het project is er een tripartiet overleg tussen het BOF, de Oegandese partner en de projectuitvoerder (de BTC, een NGO of de multilaterale organisatie).
