L'opération AMIS II est une mission conduite par l'Union africaine qui en a la direction. Celle-ci a mis en place des structures de coordination à Addis Abeba, à Khartoum et au Darfour pour les actions de tous ses partenaires qui apportent leur soutien, dont l'Union européenne et l'OTAN, mais aussi les Nations unies et des donateurs nationaux.
De operatie AMIS II wordt geleid door de Afrikaanse Unie, die in Addis Abeba, Khartoum en Darfur in structuren heeft voorzien voor de coördinatie van de acties van alle partners die steun verlenen, zoals de Europese Unie en de NAVO, maar ook de Verenigde Naties en nationale donoren.