Conformément au principe de la prise en compte du respect de la vie privée dès la conception, l'IMI a été mis au point en gardant à l'esprit les exigences de la législation relative à la protection des données et a été, dès ses débuts, respectueux de la protection des données, grâce, notamment, aux restrictions imposées pour l'accès aux données à caractère personnel échangées dans l'IMI.
IMI is op basis van het beginsel van de „ingebouwde privacy” ontwikkeld tegen de achtergrond van de vereisten die de wetgeving op het gebied van de gegevensbescherming stelt. Vanaf de allereerste opzet heeft de gegevensbescherming een centrale rol gespeeld binnen IMI, met name vanwege de beperkingen die gelden voor de toegang tot de uitgewisselde persoonsgegevens in IMI.