L'élargissement de l'AEE ayant eu lieu assez progressivement (la coopération a en effet toujours débuté bien avant l'entrée officielle) et les travaux additionnels ayant bénéficié d'un soutien financier, l'adaptation à une Agence dont les membres sont plus de deux fois aussi nombreux qu'à l'origine n'a en général soulevé que très peu de problèmes.
Aangezien het EMA tamelijk geleidelijk is uitgebreid (met de samenwerking is steeds ruim vóór de formele toetreding een begin gemaakt) en het extra werk financieel werd ondersteund, hebben zich over het algemeen maar heel weinig problemen voorgedaan met de aanpassing van het Agentschap aan een groep leden van meer dan twee keer zijn oorspronkelijke omvang.