Depuis 1999, le programme a retrouvé son niveau de ressources initial si l'on tient compte de la ligne budgétaire distincte consacrée à un programme d'actions spéciales au profit de la région de la mer Baltique, instaurée par le Parlement et à présent étroitement intégrée à la ligne budgétaire du programme CTF.
Het programma is sinds 1999 weer op het oorspronkelijke niveau terug, wanneer de afzonderlijke begrotingslijn voor bijzondere maatregelen voor het Oostzeegebied wordt meegerekend. Deze is ingesteld door het Parlement en nu sterk geïntegreerd met de begrotingslijn voor grensoverschrijdende samenwerking.