Certains principes et règles de bonne administration (droit d'audition et de contre-déduction des opérateurs concernés, obligation de motivation des actes, accès aux documents, protection des données personnelles et de la confidentialité des affaires, protection des intérêts financiers des Communautés, lutte contre la fraude et la corruption, régime linguistique) doivent être rendus applicables aux agences.
Bepaalde beginselen en regels voor goed bestuur (het recht van de betreffende operatoren op hoor en wederhoor, de verplichting tot motivering van maatregelen, toegang tot documenten, bescherming van persoonlijke gegevens en de vertrouwelijkheid van zaken, bescherming van de financiële belangen van de Gemeenschap, fraudebestrijding, de talenregeling) moeten op alle agentschappen van toepassing worden.