Les agences compétentes, notamment EUROJUST, le CEPOL, et l'ENISA, ainsi que la CERT-EU, seraient directement impliquées dans les activités de l'EC3, non seulement par leur participation au comité de direction, mais également par leur coopération opérationnelle, le cas échéant, et en tenant compte de leurs mandats respectifs.
De bevoegde agentschappen, zoals met name Eurojust, EPA en Enisa, alsook de EU‑CERT, moeten rechtstreeks bij de activiteiten van het EC3 worden betrokken, niet alleen via de programmaraad van het EC3, maar in voorkomend geval ook door operationele samenwerking, voor zover die binnen hun mandaat valt.