Certains font observer que l'expérience des dernières années montre que le fonctionnement actuel des "piliers" ne permet pas d'établir progressivement la cohérence entre les différentes actions et constatent même un risque que le deuxième "pilier" ne déborde sur le premier, ce qui réduit l'efficacité de l'Union et pourrait affaiblir l'acquis communautaire.
Volgens sommigen blijkt uit de recente praktijk dat het huidige functioneren van de "pijlers" niet bepaald bevorderlijk is voor de samenhang tussen het optreden op grond daarvan, maar dat er integendeel een gevaar voor ongewenste beïnvloeding is van de eerste "pijler" door de tweede, wat de doeltreffendheid van de Unie vermindert en het "acquis" kan verzwakken.