Pour que l'organisme d'accréditation soit totalement indépendant des organismes d'évaluation de la conformité placés sous sa responsabilité (et dont certains peuvent jouer le rôle d'organismes notifiés), il faut veiller à prévoir des barrières fonctionnelles mais aussi une véritable indépendance afin d'éviter tout conflit ou confusion d'intérêts. Il faut donc assurer une séparation sur le plan financier.
Om te garanderen dat de accreditatie-instantie volledig onafhankelijk is van alle conformiteitsbeoordelingsinstanties waarvoor zij verantwoordelijk is (waarvan sommige mogelijkerwijs als aangemelde instantie optreden), moet er niet alleen voor een scheiding van de taken binnen een onderneming worden gezorgd, maar moet ook elke kans op belangenverstrengeling worden vermeden: dit houdt in dat ook de financiële belangen uit elkaar moeten worden gehouden.