En termes de paiements, les disparités sont plus importantes : ainsi, si une grande majorité des États membres enregistre un taux de paiement aux alentours de 7 %, qui correspondent à l'avance versée à l'adoption du programme, trois États membres connaissent un certain retard (Allemagne, France, et surtout Espagne). Ce retard s'explique en grande partie par l'adoption des programmes à la fin de l'année 2000 (fin décembre pour certains), ce qui n'a pas permis d'effectuer les paiements correspondants cette même année.
Wat betreft de betalingen loopt de situatie in de verschillende landen verder uiteen. Hoewel in het merendeel van de lidstaten rond de 7% van de kredieten is betaald, wat overeenkomt met het voorschot dat bij de aanname van het programma is uitgekeerd, vertonen drie lidstaten een zekere achterstand (Duitsland, Frankrijk en vooral Spanje). Deze achterstand wordt grotendeels verklaard doordat de programma's helemaal aan het eind van het jaar 2000 (sommige programma's pas eind december) zijn aangenomen, waardoor de daarbij behorende betalingen niet datzelfde jaar nog konden worden verricht.