L'agence se fonde sur les systèmes nationaux d'information incorporés dans le European Environment Information and Observation Network, ou EIONET (Réseau européen d'information et d'observation pour l'environnement), lequel englobe plusieurs centaines d'organisations, en ce compris les centres focaux nationaux, les principaux éléments composant les réseaux nationaux d'information et les centres nationaux de référence.
Het Agentschap wordt ondersteund door de nationale informatiesystemen opgenomen in het Europees milieuobservatie- en -informatienetwerk (EIONET), waaraan enkele honderden organisaties bijdragen, waaronder de zogenaamde nationale brandpunten, de voornaamste onderdelen, en de nationale referentiecentra.